光合成活菌也算是消化菌，只是這種消化菌需要光
「光合硝化菌」一般拿到的光合菌種應該是
Pseudomonadales目、Rhodobacteriineae亞目、Rhodospirillales科底下的各種菌種。
說簡單點，就是那些看起來紫紅紫紅，聞起來臭臭的那些菌種。
光合細菌，俗稱：b菌。光合細菌是一種水中微生物，因具有光合色素，包括細菌葉綠素和類胡蘿蔔素等，而呈現淡粉紅色，光合細菌能在厭氧和光照的條件下，利用化合物中的氫並進行不產生氧的光合作用。
光合細菌可以在某種污染環境下生存，並擔負著重要的淨化水質的角色。但只有在生存環境和污染物質符合其生理、生態特性時，才會發揮其作用，否則很難獲得預期。例如在無光或者有氧環境下，光合細菌就很難發揮效果。
水族箱中若存在光合細菌，它將那些有機質或硫化氫等物質加以吸收利用，而使耗氧的異營性微生物因缺乏營養而轉為弱勢，因而降低發生有毒分解產物的機會，同時，底質中的水質藉以得到淨化，而促使養殖的水族生物的健康成長。
目前，水族市場出售的光合細菌，主要是光能異營型紅螺菌科（rhodospirilaceae），特別是其中的紅假單細胞屬（rhodopseudomonas）的種類。這種光合細菌在不同的環境條件下，能以不同的代謝方式，有效地淨化水質。需要注意：光合細菌在水質ph8.2-8.6的環境下發揮效果最佳，因而比較適合在海水水族箱中使用。所以這中光合細菌只能起到短暫的效果，因為我們魚缸裏沒有他生活的理想環境。除非我們製作一個無氧過濾區還要有照明。
硝化細菌 ，俗稱A菌( nitrifying ) 是一種好氣性細菌，能在有氧的水中或砂層中生長，並在氮迴圈水質淨化過程中扮演著很重要的角色。它們包括形態互異類型的一種桿菌、球菌或螺旋菌。屬於自營性細菌的一類，包括兩種完全不同代謝群：亞硝酸菌屬 ( nitrosomonas ) 及硝酸菌屬 ( nitrobacter )。
亞硝酸菌屬細菌一般被稱為「銨之氧化者」，因其所維生的唯一食物來源是銨，銨和氧化合所生成的化學能足以使其生存。什麼是銨？這須要解釋一下。其實銨是一種氨氣 ( nh3 ) 溶于水中所生成的陽離子 ( nh4+ )，因為它在化學上的行為就好象是一種金屬離子，故命名為「銨」。氣體的氨具有刺鼻的臭味，而離子態的銨則無特別的氣味，故很容易加以辨認。
在有空氣存在時，銨可被亞硝酸菌屬細菌吸收利用。它們將其氫原子氧化成水，用氧取代之，所以銨變成水及溶于水中的氧化氮，後者化學家稱為「亞硝酸」，其反應式如下：
藉由氧將銨氧化為亞硝酸 ( no2- ) 可以產生能量，亞硝酸菌可利用該能量從二氧化碳或鹼度 ( 如 co32- 或 hco3- ) 中製造有機物，所以這類細菌根本不需要有機物就能生存及繁衍。
硝酸菌屬細菌一般被稱為「亞硝酸之氧化者」，因其所維生的主要食物來源是亞硝酸，亞硝酸和氧化合所生成的化學能足以使其生存，而且生成硝酸為氮迴圈的終產物，其反應式如下：
硝酸菌可利用此反應所產生之能量，用於合成自己所需之有機物，故這類細菌同樣不需要攝取有機物也能生存及增殖。
銨被硝化細菌氧化成亞硝酸，隨後又被氧化成硝酸的反應被化學家稱為「硝化反應」。這個反應系由兩種不同的細菌所進行的，須密切配合，才不致使反應的中間物 no2- 滯留累積于水。
總之
光合菌是你魚缸混濁時、有機物太多時用的。要去除亞硝酸，要用「硝化菌」。
要除有機物，請用光合菌。要除氮化合物(銨、亞硝酸離子等)，請用硝化菌。
第一，硝化菌不臭。硝化菌的菌液成澄清狀或有些許懸浮物。
第二、顏色應該是很淡很淡的粉紅色，或根本無色。(粉紅色是選擇性培養機中的 phenol red 染劑，濃度極低，對魚無害)
第三、請仔細看看它的生產日期！一般淡水的硝化菌，在常溫下出廠大概六個月就會幾乎沒有效用了。
第四、瓶子上應該要有 Nitrobacter, Nitrosomonas 這兩種菌種名稱出現(淡水用的) ，如果沒有，可能有問題。
